Der Bahnhof Krems an der Donau ist ein Durchgangsbahnhof und Bahnknotenpunkt im niederösterreichischen Zentralraum. Er ist der Endpunkt einer elektrifizierten Abzweigung der Franz-Josefs-Bahn (eröffnet 1872, elektrifiziert 1982) und Ausgangspunkt der nicht elektrifizierten Strecken nach St. Pölten Hauptbahnhof (eröffnet 1879) und in die Wachau (Donauuferbahn; eröffnet 1909). Er ist einer der westlichen Grenzpunkte des VOR (Verkehrsverbund Ost-Region).
Der Bahnhof verfügt über ein Parkhaus mit kostenlosen Stellplätzen (Park&Ride) und auch überdachte Fahrradabstellplätze sind vorhanden.In der Bahnhofshalle befinden sich ein Supermarkt, eine Trafik, das Reisezentrum der ÖBB, ein Münztelefon sowie ein Fahrkartenautomat. Der Supermarkt hat auch sonntags geöffnet.
Der Bahnhof verfügt über zwei Bahnsteige (Haus- und Inselbahnsteig) und fünf Bahnsteigkanten (unterteilt in Sektoren). Die Züge Richtung Wien und auf der Kamptalbahn Absdorf-Hippersdorf fahren in der Regel vom Bahnsteig 2A oder 3A ab, die Züge Richtung Horn und Sigmundsherberg vom Bahnsteig 1A oder 11, die Züge nach Spitz, Emmersdorf und St. Valentin fuhren bis zur Einstellung der Donauuferbahn vom Bahnsteig 1B, 2B oder 21 und die Züge nach St. Pölten Hauptbahnhof fahren vom Bahnsteig 3B oder 21 ab. Es gibt jedoch Ausnahmen.
Am Bahnhofsvorplatz befindet sich der Busbahnhof für regionale Buslinien und eine Kurzparkzone (länger Parkende müssen in das Parkdeck fahren). Der Taxistandplatz und die Haltestelle der Stadtbuslinien sind durch eine Überdachung wettergeschützt zu erreichen.
Alle Bahnsteige und das Parkdeck sind mittels Aufzügen barrierefrei zu erreichen.