Białostocki ratusz nigdy nie był siedzibą władz miejskich. Nadana mu została funkcja handlowa. Był to więc nie tyle ratusz, co bardziej kramnice lub sukiennice. Ufundowany przez Jana Klemensa Branickiego, miał w jego wizji miasta komponować przestrzeń rynku, stanowić jego dominantę architektoniczną i być świadectwem gustu fundatora. Jego budowa przebiegała w kilku etapach.
W 1745 roku postawiony został parterowy, oparty na rzucie kwadratu obiekt, przykryty łamanym dachem. Znalazło w nim miejsce 10 sklepów oddanych w dzierżawę miejscowym Żydom. Rozwój handlu spowodował, że już w 1755 roku, na koszt około 20 kupców żydowskich, wybudowano 4 narożne pawilony - alkierze. Połączone one zostały z głównym budynkiem arkadkami, które były wejściowymi bramkami na wewnętrzne dziedzińce.
W 1761 roku wybudowana została jedna kondygnacja wieży, podwyższona do obecnej wysokości w 1798 roku. Tak długi czas budowy ratusza świadczy o tym, że wymuszona ona została czynnikami zewnętrznymi, a nie jednorodną koncepcją architektoniczną.
Pomimo tego białostocki ratusz jest jedną z piękniejszych budowli w mieście i stanowi rzadki w Polsce przykład ratusza alkierzowego. Jego autorstwo przypisywane jest Janowi Henrykowi Klemmowi. Bezsporne jest jednak tylko to, że to on projektował narożne pawilony.
Gdy budowano drugą kondygnację wieży, nadając całemu budynkowi znaną nam obecnie formę J.H. Klemm już nie żył. W 1772 roku w ratuszu mieściło się 48 kramów, a w wieży, na parterze i piętrze, urządzono izbę sądową i areszt. W związku z dalszym rozwojem handlu, około 1807 roku, poszerzono alkierze, zabudowując częściowo dziedzińce.
W 1868 roku na ratuszowej wieży pojawił się zegar wykonany przez "uczonego zegarmistrza Tropa". Około 1898 roku wokół hełmu wieży umieszczona została metalowa galeryjka, służąca jako punkt obserwacyjny Białostockiej Ochotniczej Straży Ogniowej.
W 1922 roku w ratuszu - bazarze mieściło się ponad 100 różnej branży sklepików. Stan techniczny i estetyczny tego zabytkowego obiektu budził ogromne zastrzeżenia. Konserwator Okręgu Białostockiego w 1923 roku wnioskował o wywłaszczenie wszystkich właścicieli i przeprowadzenie rekonstrukcji budynku. Plan ten nie został zrealizowany.
W 1940 roku okupujący Białystok Rosjanie chcąc postawić w centrum miasta pomnik Józefa Stalina rozebrali ratusz, widząc w nim symbol szlacheckiej Rzeczpospolitej.
W 1953 roku, dzięki staraniom Władysława Paszkowskiego - Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków - rozpoczęto jego odbudowę. Autorem projektu architektonicznego była Zofia Chojnacka. Wnętrza zaprojektował Stanisław Bukowski. Prace zakończono w 1958 roku, przeznaczając ratusz na siedzibę Muzeum Okręgowego. Zasadniczą zmianą wprowadzoną przy odbudowie, było podpiwniczenie budynku i połączenie alkierzy z centralną częścią obiektu łącznikami, co zapewniło wewnętrzną komunikację.
