A vár első említése 1294-ből maradt fenn. Legrégebbi épületrészeit a déli lakószárny pincéjében derítették fel a régészek, ez lehetett az egykori oklevelekben említett Kán nembeli Gyula nádor leszármazottai által emelt korai vár magja. A birtokuk után magukat Siklósinak nevező nemesi család lakta, szolgaszemélyzetével egyetemben. Siklóst is a tatárjárás utáni nagy várépítési korszak szülöttének tarthatjuk. Jelentős erődítményt formálhatott, mert 1316-ban még a Kőszegi nemzetség csapatai sem tudták ostromban bevenni.
A Siklósi család 1387-ben szembefordult a magyar trónra kerülő Luxemburgi Zsigmond királlyal, aki ezért hűtlennek nyilvánította őket, várbirtokukat elkobozta tőlük. Néhány esztendővel később a nagyhatalmú Garai bárói család tulajdonába került át, akik jelentős mértékben kibővítették területét, de még az alatta meghúzódó mezővárost is kőfallal kerítették körül. 1401-ben az ország főnemesei fellázadtak Zsigmond uralma ellen, akit Visegrád után a siklósi várban őriztek. Mivel azonban a bárók nem tudtak megegyezésre jutni, végül a helyi földesúr, Garai Miklós tanácsára visszahelyezték uralkodói méltóságába. Zsigmond nem felejtette el nagyúri támogatóját, akivel ligát kötött, majd ennek megpecsételésére a király és Garai báró feleségül vették Cillei nagyúr két leányát.
1440-re már kiépültek védőművei, melyeket az Ulászló király táborát erősítő Hunyadi János erdélyi vajda sem tudott bevenni. A Garai főnemesi család kihalta után Mátyás király Corvin János liptói hercegnek juttatta, de már a 16. század elején a Perényi főúri család lakta épületeit. Perényi Imre a várat reneszánsz stílusban átalakíttatta és olasz szobrászmesterekkel befejeztette a várkápolna építését is. 1543-ban Szulejmán szultán óriási serege alig háromnapnyi viadal után bevonult falai közé. 1686-ban a Budát visszafoglaló Habsburg sereg hadjárata idején szabadult fel az Oszmán Birodalom megszállásától, katonai jelentőségét csak a Rákóczi-szabadságharc után vesztette el véglegesen. Császárhű birtokosai miatt nem robbantották fel, de belső lakóépületeit jelentős mértékben átformálták a barokk formavilág jegyei szerint.
1828-tól a Batthyány család volt a tulajdonosa, majd Benyovszky Lajos pozsonyi ügyvéd vásárolta meg.Halála után fia, gróf Benyovszky Móric örökölte, aki jelentős közéleti szerepet töltött be. Háromszor választották meg Baranya vármegye főispánjának, és országgyűlési képviselőnek. A gróf halála után az özvegye, Benyovszkyné Batthyány Lujza eladta a várat a Honvéd Kincstárnak.
A második világháború alatt angol, amerikai és lengyel hadifoglyokat őriztek itt. A második világháború után egy évtizedig gazdátlan volt, majd csak az 1955-ben elkezdődő régészeti feltárás és helyreállítás után kapta meg jelenlegi szerepét. A vár egymást követő tulajdonosai pompás várkastéllyá építették át, a kor várépítészeti követelményeinek és stílusirányzatainak megfelelően. Nagy történelmi időket látott falai között vármúzeumot, szállodát és éttermet rendeztek be.
